Diez años han pasado desde el final de Dragon Ball Z. Ub entrena con Goku, Goten y Trunks son adultos, Pan tiene 14 años de edad, Mr. Satán se esta quedando calvo y Krilin tiene el pelo gris y bigote. Desde la derrota de Majin Bu, hay paz en la Tierra... Pilaf por fin ha conseguido reunir las esferas del dragón para pedir la dominación del Mundo (pero estas esferas son diferentes, son de color negro), Shen-Long es conjurado y sin noticia alguna, Goku entra en escena; Pilaf, sorprendido de ver a Goku después de tantos años, comienza a desear que Goku siguiera siendo un niño para que así fuera más fácil de derrotar. Shen-Long toma esto como un deseo y convierte a Goku de nuevo en niño. Goku regresa a su hogar y platica lo que ha ocurrido. Mr. Popo aparece y le dice a Goku que sino reúnen las esferas dentro de un año la tierra se destruirá. Goku le pide a Trunks y a Goten que lo acompañen pero Pan se escurre dentro de la nave y accidentalmente la hace despegar, al tiempo que daña un motor. Así que Goku, Pan y Trunks emprenden la búsqueda de las esferas, por varios planetas, en estos planetas, nuestros héroes van reuniendo las esferas conociendo a un repertorio de personajes no muy importantes. Además, nuestros héroes conocen a Giru, un pequeño robot que se trago el Radar del dragón, así que nuestros héroes lo llevan en su viaje. Goku, Pan y Trunks aterrizan en el planeta M2, ahí se encuentran con el Dr. Myuu (el Dr. Myuu es uno de los sobrevivientes de los Tsufurujin, quienes habitaban el planeta Vejita antes de que los Saiyajins lo conquistaran) él es un malvado científico, creador de muchos androides y robots (Giru es una de sus creaciones). Cuando Trunks es secuestrado, Pan intenta rescatarlo, mientras Goku pelea contra Ruudo, una creación del Dr. Myuu. Ruudo es asesinado. Giru ayuda a Trunks a escapar y nuestra tripulación regresa al espacio. Uno de los proyectos del Dr. Myuu es Babi (otro sobreviviente de los Tsufurujins), como uno de los sobrevivientes de los Tsufurujins, Babi busca venganza sobre todos los Saiyajins, inocentes o culpables; él tiene el poder de tomar cuerpos y adquirir el poder de sus víctimas. Babi toma el cuerpo del Dr. Myuu y lo mata en acto de traición. Goku, Trunks, Pan y Giru finalmente regresan a la Tierra con las siete esferas del dragón negras. Goku las lleva con Dende y Mr. Popo para que las aseguren para su posterior uso. Sin embargo, Babi también había aterrizado en la Tierra, y había tomado los cuerpos de Trunks, Gohan y Goten, aun al dejar sus cuerpos, deja un huevo en su cerebro, este huevo hace que su víctima sea un zombie de Babi. Babi finalmente encontró un cuerpo que le satisface: el de Vegeta!!! El toma el cuerpo de Vegeta y se forma Vegeta-Babi!! En poco tiempo, todos en la Tierra se convierten en zombies de Babi a excepción de Mr. Satán, Pan, Bu, Ub y Goku. Dende, al ser víctima de Babi, utiliza las esferas del dragón negras para crear otro planeta para Babi. Ub se enfrenta a Vegeta-Babi, y estando a punto de ser derrotado Bu aparece y lo salva, siendo asesinado, pero su espíritu entra en Ub. Los dos se fusionan y Ub se da cuenta de que él y Bu originalmente eran uno solo. Sin embargo, aun y con esta fusión, Ub no es contrincante para Vegeta-Babi. Goku se enfrenta a este, pero es mas fuerte y fácilmente derrota al joven Goku. Goku aumenta su poder hasta al nivel 3 de Super Saiyajin, pero aun así es derrotado, porque Vegeta-Babi también puede elevarse al nivel 3. Pan se esconde en los alrededores y observa la pelea. Goku es salvado por Kaiou-shin. En el planeta de Kaiou-shin, este se da cuenta de que la cola de Goku esta creciendo de nuevo (ya que cuando era niño, la cola le volvía a salir cuando se la cortaban) entonces Kaiou-shin la jala para que crezca totalmente. Goku regresa para enfrentarse a Vegeta-Babi. Después de ser derrotado por este de nuevo, Goku cae en el suelo y observa a la Tierra, la tierra actúa como una luna llena dando como resultado que Goku se convierta en un mono gigante de color dorado (el mono es dorado en lugar de café por que fue la tierra la que causo la transformación en lugar de la luna). Goku es mas fuerte, pero es incapaz de controlarse y destruye todo lo que esta a la vista, pero gracias a que ve una foto que Pan llevaba consigo, Goku adquiere el control sobre si y se convierte en SSJ4, la batalla cambia y Vegeta-Babi se encuentra perdiendo. Bulma, crea un cristal para ayudar a su esposo, este magnifica los rayos de la tierra y Vegeta-Babi se convierte en un mono gigante. Goku es derrotado una vez más. Mientras tanto, Kaiou-shin descubre que el agua ultra sagrada puede quitarle a la gente el control de Babi, así que se dirige a la plataforma celeste para obtenerla, Dende y Mr. Popo son curados en el forcejeo en contra de Kaiou-shin y el agua es esparcida para todos. Gohan, Goten, Trunks (ahora libres del control de Babi) y Pan rodean a Goku formando un circulo pera donarle su energía. Goku y Vegeta-Babi se enfrentan una vez mas, finalmente Goku derrota a Vegeta-Babi con un Kamehameha, Babi abandona el cuerpo de Vegeta e intenta escapar en su nave, pero es destruido con otro Kamehameha. La tierra esta a punto de explotar porque las esferas no fueron empleadas para pedir su estabilidad. Nuestros héroes llevan a todos los habitantes hacia el planeta de Babi, pero Piccoro decide permanecer en la Tierra para morir con ella por que el la amo demasiado, la Tierra explota, y Piccoro junto con ella. Al ser reunidas las esferas de Namekusei la tierra es reconstruida, pero Piccoro aun esta muerto.

Saga de los Dragones Negros

En el infierno, el Dr. Gero y Dr. Myuu se asocian y crean al Androide Artificial Nº17. Ellos abren un portal para escapar a la Tierra. Artificial Nº17 busca a Nº17 y ellos se fusionan en Super Nº17. Cell y Freezzer han planeado tomar el infierno, así que Goku cae en la trampa y es engañado para ir al infierno a luchar contra estos dos. Nuestros héroes no tienen oportunidad contra Super Nº17 sin Goku en Tierra, durante la batalla el Dr. Myuu le ordena a Super Nº17 que asesine al Dr. Gero, después, el Dr. Myuu es traicionado y asesinado. Krilin y Nº18 también han perecido en la batalla; entretanto, Nappa escapa a tierra, pero Vegeta lo mata de nuevo. Goku derrota a Cell y Freezzer, pero es atrapado en el infierno. Piccoro comienza a insultar a Enmadaiou Sama para ser enviado al infierno para ayudar a Goku, cuando Piccoro llega al infierno, junto con Dende crea un portal que le permite a Goku entrar de nuevo a la tierra. La batalla entre Goku y Super Nº17 da inicio y este último es asesinado. Después reúnen las esferas del dragón para resucitar Krilin y a Nº18. Cuando Shen-Long es conjurado, algo está mal, un Shen-Long malo aparece y se ríe perversamente, una nube aparece alrededor del Shen-Long malo, y se transforma en siete dragones malos, cada uno de una esfera, los dragones salen volando en distintas direcciones y comienzan a crean el caos. Kaiou-bit les explica a nuestros héroes que cada vez que se pedía un deseo, en las esferas se acumulaba energía negativa, y que esta energía era la causante de que existieran los 7 Shen-Longs malignos. Cada dragón tiene su propio elemento, y cuando encuentran su elemento, asumen su verdadera forma. Goku y Pan comienzan a buscar a los dragones para detenerlos. El primero que encuentran es Ryan-Sheng quién nació cuando Bora resucitó. El elemento de este dragón (de la esfera de 2 estrellas) es la contaminación en el agua. Al nadar en agua limpia fue debilitado, y Goku y Pan lo atacaron y lo destruyeron; así la esfera de 2 estrellas se restauró. Luego, Goku y Pan siguen la señal del radar del dragón y encuentran Uu-Sheng él nació en la esfera de 5 estrellas cuando Goku resucito para luchar contra Vegeta. Este dragón es de electricidad, pero la lluvia lo debilitó, provocándole un corto circuito, así fue como se destruyó y la esfera de 5 estrellas se restauro. Ryuu-Sheng es el que aparece ahora: este dragón nació cuando Ulong hizo el deseo de la ropa interior de mujer mientras escapaban de Pilaf; este dragón posee el poder de los huracanes. Goku aprende que su punto débil es la cabeza y lo ataca ahí, Ryuu-Shen fue derrotado fácilmente y la esfera de 6 estrellas fue restaurada. Después, Goku y Pan vuelan hacia Chiis-Sheng quién nació de la esfera de 7 estrellas cuando todas las personas muertas por Majin-Vegeta fueron resucitadas, Pan es atrapada dentro del cuerpo del dragón, pero Goku la rescata y destruye Chiis-Sheng, su esfera es recuperada. Suu-Sheng es el siguiente que encuentran, nació cuando Piccoro resucitó, la esfera de este dragón es la de 4 estrellas; cuando se encontraba peleando contra Goku; San-Sheng, el hermano de Suu-Sheng y de la esfera de 3 estrellas, aparece. Después de que su hermano se burla de él por perder el honor al interferir con la pelea, el dragón de hielo lucha contra Goku, sin embargo, es derrotado, y Goku y Suu-Sheng continúan su pelea, pero la pelea es interferida de nuevo cuando alguien mata a Suu-Sheng, quien lo mato fue Li-Sheng, de la esfera de una estrella. Goku lo derrota en estado de Super Saiyajin 4, pero el dragón sobrevive, derrota a Pan y roba todas las esferas restauradas. Li-Sheng se fusiona con las esferas y se vuelve mas fuerte. Aun Goku como SSJ4 no es ningún contrincante para él. Entonces Vegeta se une a Goku en la batalla, pero ni los dos juntos son contrincantes para Li-Sheng; entonces Goku y Vegeta en SSJ4 se fusionan y se vuelven: Gogeta en SSJ4! Li-Sheng es derrotado y se restauran las esferas con las que se fusionó, pero la fusión de Gogeta se deshace antes de que Li-Sheng sea asesinado, así que este se fusiona de nuevo con las esferas, pero Goku consigue la esfera de 4 estrellas antes de que Li-Sheng y se la trague para que el dragón pueda fusionarse con ella. Sin embargo, Goku escupe la esfera y Li-Sheng la absorbe. Vegeta sugiere usar la fusión de nuevo, pero Goku se encuentra demasiado débil para llegar al nivel 4. Li-Sheng se prepara para matar a estos dos, pero queda una última esperanza: Goku empieza a crear una Genki-Dama, todos en la Tierra alzan sus manos para donar su energía; Goku se teletransporta con Kaioo-Sama y le pregunta que si la energía es suficiente, este busca formas de vida por la galaxia para ayudar a que donen energía. Se muestran todos los personajes encontrados en espacio en la temporada de Babi y ellos levantan sus manos. La gigantesca Genki-Dama de Goku se crea y destruye a Li-Sheng. Todas las esferas del dragón se restauran, pero algo extraño ocurre: Shen-Long aparece sin ser convocado y anuncia que no cumplirá más deseos debido a todo el problema que las esferas han causado. Goku lo convence que haga el último deseo, revivir a todas las personas muertas durante las luchas contra los dragones. El deseo se concede, y Goku se monta en el lomo de Shen-Long. Milk y sus hijos van a casa para preparar una gran fiesta mientras esperan a Goku... Pan nota la ropa andrajosa de Goku en la tierra y pregunta si su abuelo se ha ido para siempre, Vegeta responde que sí. En la espalda del dragón, Goku visita a los guerreros Z. Al final, Goku se encuentra en el suelo y las esferas son absorbidas en su cuerpo, y Goku desaparece. 100 años después: Goku Jr. (el nieto de Pan) esta en el último torneo de las artes marciales, él está a punto de competir contra Vegeta Jr. (uno de los descendientes de Vegeta), los dos muchachos en estado de Super Saiyajin luchan. Pan es una espectadora en el público, ella nota a Goku que mira la lucha al otro lado del estadio. Pan va hacia él, pero pierde a su abuelo en la multitud.